本发明公开了一种可有效提高水产动物抗病能力的复合制剂及制备方法，复合制剂各组分及质量配比如下：微生物菌粉55~65，黄芪多糖10~15，酵母细胞壁10~15，植物精油5~10，维生素B6 1~5；各组分相互配合能够重整肠道菌群结构、改变肠道产酸菌代谢产物中不饱和脂肪酸比例，抑制肠道病原菌及其他有害物质，修复肠道黏膜，促进营养消化吸收，同时可使机体非特异性免疫增强，抗应激性增强，对外来病毒、病菌、寄生虫及污染环境有更强的抵抗能力，综合提高机体饵料利用率和成活率，减少残饵，净化粪便，优化和规范集约化养殖模式。