本发明公开了虾青素与甘露聚糖联产发酵方法及其应用，虾青素与甘露聚糖联产发酵方法包括：诱变、制备原生质体、基因组重排、虾青素的获取、甘露聚糖的提取；虾青素作为抗氧化添加剂应用于饲料、食品、化妆品中；甘露聚糖可以应用于粘着剂、保香剂、饲料添加剂、化妆品添加剂、废水处理中的包埋材料、防尘剂、色谱填料、食品保鲜。有益效果为：以双诱导法获取高产红法夫酵母菌株，通过基因组重排细胞融合的方法筛选出高产虾青素的菌株，获得遗传稳定的红法夫酵母菌株，通过联产发酵获取虾青素与甘露聚糖；虾青素、甘露聚糖的应用范围较为广泛，具有很高的经济价值。