本发明公开了一种大便分析仪的检测系统，包括检测卡输送机构、检测卡分流机构、显微镜机构反应盘机构以及拍照机构，检测卡分流机构包括可转动的分流盘、第一推卡组件以及第二推卡组件，显微镜机构、检测卡输送机构和反应盘机构环绕分流盘设置，分流盘上周向设置有多个第一检测卡位，检测卡输送机构将若干检测卡依次送到第一检测卡位，第一推卡机构和第二推卡机构分别将位于第一检测卡位上的已经滴加样品的检测卡推入显微镜机构进行镜检和推入反应盘机构进行反应，拍照机构对位于反应盘机构上反应过后的检测卡的检测结果进行拍照。本检测系统通过分流盘将检测卡推入显微镜机构进行镜检和将检测卡推入反应盘机构进行反应，提高了检测效率。