本发明涉及生物工程领域，具体而言，公开了一种麻疹病毒mRNA甲基转移酶缺陷减毒疫苗株及其应用。本发明提供的麻疹病毒mRNA甲基转移酶缺陷减毒疫苗株质粒，通过定点突变包含麻疹病毒减毒疫苗株S191基因组重组载体中的麻疹病毒L蛋白上的甲基转移酶保守序列得到，可以降低拯救出来的麻疹病毒的复制能力，达到减弱病毒毒力的目的，且不会改变病毒的免疫原性。本发明提供的麻疹病毒mRNA甲基转移酶缺陷减毒疫苗株，通过辅助质粒和上述麻疹病毒mRNA甲基转移酶缺陷减毒疫苗株质粒拯救得到，该麻疹病毒mRNA甲基转移酶缺陷减毒疫苗株致病力较低甚至高度致弱，同时能激发机体产生并维持高滴度的中和抗体，达到更好的免疫效果。