本发明公开了防止人参重茬的复合微生物肥料，包括有机肥料、无机肥料和复合功能菌；其中，所述的有机肥料包括中药渣、腐植酸、硅藻土、火山石、膨润土、沸石、生物炭、粮食副产物、糖、酵素菌和水，所述的粮食副产物为麸皮或米糠；所述的无机肥料包括硝酸钾、尿素、磷酸二氢钾、硫酸钾和黄腐酸钾；所述的复合功能菌包括不动杆菌、贪噬菌、链霉菌、木霉菌。该复合微生物肥料系有机、无机、微生物大三元复合肥料，还含有腐植酸、黄腐酸等生物刺激素和天然矿物源中微量元素，用作人参生产，具有促进生长发育，提高产量，降低病害的效果，可有效预防人参根系分泌化感物质引起的自毒物质的影响，有利于防止人参重茬危害。