本发明属于微生物的筛选方法，特别是指一种基于微孔板的雨生红球藻筛选方法。包括种子培养、发酵培养、促使虾青素积累、虾青素的提取、雨生红球藻的筛选等工艺步骤，各步骤中的微孔板选用透光材质制作。本发明有效解决了现有微孔板法高通量筛选雨生红球藻时存在培养困难、虾青素提取测定步骤繁琐且结果误差大、筛选结果不可靠的问题，具有与摇瓶筛选相比提高了培养效率、操作简单、有效减少乃至消除了微孔板培养雨生红球藻时因气体交换能力差造成孔板培养的边缘效应等优点。