本发明属于酶制剂应用技术领域，具体提供了一种液体酶制剂组合物的保存方法。将按重量百分比10％～30％的酸性纤维素酶、5％～20％的酸性甘露聚糖酶、20％～50％的酸性木聚糖酶，得到酶制剂组合物混合液Ⅰ；将按重量百分比50％～80％的酸性蛋白酶、10％～40％的甘油，得酶制剂组合物混合液Ⅱ；将酶制剂组合物混合液Ⅰ和酶制剂组合物混合液Ⅱ按重量比为2：3进行混匀，立即在50～60r/min转速下搅拌10～20min，得到终产品液体酶制剂组合物。本发明提供的方法，可以使非淀粉多糖酶和酸性蛋白酶的液体复合酶在长期储存时或者同时使用时各自的酶活力不受影响，降低成本。