本发明涉及生物工程和清洁能源制备技术领域，具体涉及一种高热值微藻生物柴油的制备方法。本发明以球藻为原料，自备得到球藻油脂，将球藻油脂酯化、离心分层，得到下层生物柴油粗品，继续蒸馏得到高热值微藻生物柴油，本发明采用较温和的光照和光质、高浓缩的土壤提取液作为培养液、适宜的温度等条件促进微藻快速生长，从而提高了产油效率，球藻是一种单细胞蛋白核小球藻，蛋白核小球藻对环境具有稳定的适应能力，能够吸收沼液中丰富的氮磷元素和无机元素，对球藻细胞油脂的积累起着促进作用，从而使生物柴油生产的效率提高，获取最大的油脂含量，提高油脂的含碳率，达到提高生物柴油的热值的目的。