本发明公开了多步酶法协同制备藏牦牛皮胶原蛋白和胶原多肽的方法，属于生物工程领域。本发明首先对牦牛皮进行清洗和脱毛、脱脂处理，然后在酸性条件下利用胃蛋白酶提取牦牛皮中的胶原，离心收集上清中含有大分子胶原，可通过浓缩沉淀等步骤进一步精制；未降解完全的部分再经复合蛋白酶深度水解，其酶解液经浓缩、干燥，可获得小分子的牦牛皮胶原多肽。本发明原料来自于西藏地区的特色资源牦牛的加工副产物牦牛皮，为藏族地区特色资源的开发利用提供了新途径，制备的高分子胶原蛋白及低分子胶原多肽在医药和大健康领域具有重要的应用价值，能够实现牦牛皮资源的高效和最大化利用。