本发明公开了一种复合菌剂及其在发酵有机废弃物增繁原生菌生产生物有机肥中的应用。本发明复合菌剂由嗜碳芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、嗜热嗜脂肪地芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、诺尔斯氏链霉菌、发酵放线纤丝菌、草酸青霉、汉逊德巴利酵母、圆褐固氮菌分别经菌种活化、扩大培养、脱水干燥获得各菌种的纯菌体干粉，再将各纯菌体干粉按比例混合均匀得到；该复合菌剂用于发酵有机废弃物生产生物有机肥，在发酵的同时激活环境中原生有益菌，使有益菌种群大量增殖，发酵结束后，有效活性菌酶活及有益菌种群数量高，无需再次添加功能性微生物，直接一次性转换成生物有机肥。本发明可实现不同来源、任意比例混合的固体有机废弃物或者固液态有机物的共同发酵。