本发明提供了一种高灵敏度融合基因检测方法及其应用。相比于现有报道，本发明使用SMART技术，微量建库，同时获得高保真、高丰度的mRNA信息；使用的锚定多重PCR联合高通量测序检测方法，无需知晓与已知基因发生融合的基因，无需知晓融合方式，也可获得高准确率、高可信度、全面的发生融合基因的信息、转录组上的位点，这是现有的技术：RT‑PCR、IHC和FISH，都无法达到的。