本发明提供一种基于北斗动定位中接收机的钟差补偿方法，包括：步骤S1，采集载波相位观测数据，对所述载波相位观测值进行差分滤波，求取其相位变率作为该时刻的多普勒观测值；步骤S2，通过所述多普勒观测值以及卫星与接收机之间的几何位置关系构建方程，求解接收机速度；步骤S3，通过所述接收机速度对实时位移进行解算，通过速度对时间的积分求得基线误差补偿改正数；步骤S4，通过所述基线误差补偿改正数对多普勒测速结果进行钟差补偿，得到补偿后的基线解算结果。本发明通过BDS多普勒测速结果对钟差进行补偿，进而能够得到更高精度的基线解算结果，以便应对高动态和多复杂性的移动编队等应用需求。