本发明提供了单细胞测序在免疫细胞分析中的应用，所述免疫细胞包括T细胞、单核细胞、自然杀伤细胞、B细胞、巨噬细胞、粒细胞、肥大细胞、巨核细胞或树突状细胞中的任意一种或至少两种的组合；所述免疫细胞分析包括对免疫细胞和/或免疫细胞亚型的种类、状态或比例中的任意一种或至少两种的组合进行分析。本发明中，将单细胞测序应用于免疫细胞分析中，首先经单细胞测序获得样本的测序结果，随后采用生物信息分析方法获得免疫细胞的分布状态、亚型组成和细胞轨迹，并对细胞亚型进行注释，通过比较不同的结果实现对免疫细胞和/或免疫细胞亚型的种类、状态和比例分析。