本发明公开了一种码垛机器人驱动方法及驱动系统，包括ARM模块和FPGA模块，ARM模块负责与上位机进行指令或者数据交互，FPGA模块进行电机控制信号发送以及光栅信号的处理，通过电机信号控制、光栅闭环反馈信号处理以及限位开关等模块实现对烟箱进行解包码垛的功能。在基于该架构下的码垛机器人中，ARM将串行口下载的程序编译，通过上位机、ARM及配置芯片、FPGA的可重构设计，上位机发出重构命令和配置数据，通过ARM控制重写配置芯片来实现控制2片FPGA，最终驱动卡的接口板分别控制X、Y、Z、A、B、C六轴伺服电机，具有很强的可修改和可移植性，方便底层驱动修改，使系统更具拓展和维护性，有良好、开放的软硬件接口，其控制柔性特性较好。