本发明涉及生物信息学领域，具体涉及一种筛选和确定癫痫相关蛋白之间相似性的方法。该方法主要包括如下步骤：收集癫痫相关蛋白数据并进行预处理，根据相关蛋白的作用机制对预处理的数据进行分类，根据分类结果在每一类中选择用于比较的基准序列，将每一类中的其他序列与该类中的基准序列进行比较。此外，本发明的方法还包括序列空间结构的比较。通过本发明的方法，可以对已有的人或动物的癫痫相关蛋白进行分析，能够综合已有癫痫变异蛋白的研究成果，在更广泛的范围内对于癫痫变异蛋白之间的相关性进行研究，从而发现具有普遍适用性的癫痫治疗靶点。