本发明公开了一种基于多源遥感卫星的遥感影像处理方法，由以下步骤组成：图像预处理；使用ENVI工具对遥感影像进行辐射定标、大气校正；研究区域掩膜裁剪；根据研究区域建立感兴趣区域进行裁剪；读取影像，针对影像每个波段进行去云；水体提取；根据研究区域建立感兴趣区域进行裁剪；水体叶绿素反演；利用对叶绿素a最敏感的波段计算区域A的叶绿素指数；水体悬浮物反演。本发明考虑了遥感影像含有薄云的情况，增加了去云步骤，使用多源卫星影像或者同源多时相卫星影像进行多幅图像合成达到去云的目的；本发明同时集成了遥感影像水体提取、水体叶绿素反演、水体悬浮物反演三种功能，可自动化完成，无需人工干涉。