本发明涉及间充质干细胞管理系统及晃动装置、方法，其包括采集表模块、接收模块、分离模块、培养模块、用户管理模块、脐带库模块、权限管理模块、检验模块、质量评价模块、入库模块、细胞模块、微免实验模块、库存查询模块；检验模块包括细胞检验模块与微免检验模块；采集表模块，脐带的采集信息录入系统；接收模块，记录脐带库模块的接收信息，并标记脐带库模块中的异常信息；本发明设计合理、结构紧凑且使用方便。