用于水下导航的高灵敏度微型磁传感单元、含有该传感单元的传感器及传感单元的制备方法，涉及磁场探测领域。本发明是为了弥补国内外缺乏适用于水下航行器使用的微型磁传感器的空白。本发明所述的高灵敏度微型磁传感单元采用MEMS工艺制备，能够有效减少传感器的重量和体积；以单晶硅为衬底制作微型磁传感器，能够将误差控制在10μm以内，远高于常规的机械加工，使微型磁传感器在加工制造过程中具有良好的一致性。本发明可应用于磁目标探测和磁场探伤等领域，为水下航行器提供高精度的导航和定位信息。