本发明属于药品管理技术领域，公开了一种用于电子处方的身份认证系统及其工作方法。本发明中的系统包括人脸采集单元、人脸比对单元、人脸分析单元、数据分析单元及数据存储单元。本发明中的工作方法包括：有电子处方开具请求时触发初始人像采集；获取当前初始人脸图像并比对；如比对失败则开具电子处方后，获取校验人像采集并分析，如分析成功则获取当前用户购药信息；更新当前用户的购药信息，如超过购药次数阈值则输出异常提示信息。本发明实现了电子处方从开具到取药完成的全流程监管，用户购药信息出现异常情况时能够及时进行提示，便于监管部门能够及时处理，为后期进行打击销售回收药品、药店店员代买药等不合规行为的监管提供了数据基础。