一种隐蔽卫星导航定位系统，包括隐蔽卫星星座、隐蔽导航定位信号、隐蔽导航定位地面主控站、智能接收机和无源测定轨站；所述隐蔽卫星星座为“泛GEO通信卫星”星座，由C/Ku频段GEO商用通信卫星、SIGSO小倾角同步轨道卫星和IGSO倾斜轨道卫星组成；所述隐蔽导航定位信号隐蔽在泛GEO通信卫星原业务信号下，信号功率为卫星转发器满载荷功率的百分之一以下，导航信号的带宽为40MHz以上，引起原信号的信噪比下降幅度不超过0.3dB；所述隐蔽导航定位地面主控站为固定设置的隐蔽导航定位固定站或能随车辆移动的隐蔽导航定位车载静中通站；所述智能接收机包括天线模块、射频模块、基带处理器模块和自主导航模块；所述无源测定轨站包括至少四个位于地球表面的测定轨基准站，测定轨基准站接收机采集卫星信号，计算所测卫星的位置改正量，统计定轨的精度，将卫星位置改正量信息编排到导航电文中，通过隐蔽导航定位地面主控站注入卫星，供用户定位时使用。