本发明属于神经系统影像交互信息处理技术领域，公开了一种神经系统影像交互信息处理系统及方法，神经系统影像交互信息处理系统包括：神经影像采集模块、主控模块、影像增强模块、影像特征提取模块、影像压缩模块、影像分类模块、影像加密模块、影像存储模块、显示模块。本发明通过影像压缩模块大大提高了压缩效率，与现有仅对横断面序列进行视频压缩的方法相比，能发现神经影像数据在体积内或体积间上下、前后、左右方向上空间相关度或时间相关度最高的方向，进一步提高了压缩效率；采用高性能的标准视频编码器进行神经影像压缩，便于解码压缩后的神经影像数据，易于推广。