本发明一种基于空间行驻波衰减的微波含水率测量装置及其测量方法，属于微波应用技术领域，装置由微波发射探头、样品容器、被测材料、微波接收探头、滑动平台、丝杠导轨单元、电机单元、重量监测单元及信号显示控制单元组成。本发明样品容器位于微波发射探头和微波接收探头之间，微波接收探头固定于丝杠导轨单元的滑动平台上，能够在水平方向自由移动，实现空间行驻波信号的连续测量。信号显示控制单元根据行驻波波腹点功率衰减建立含水率反演公式，消除多重反射效应引起的测量误差。本发明提高测量精度，使测量结果不受材料厚度及堆积密度影响，可以实现对粮食、饲料、木料、砂石等颗粒材料的含水率的快速、无损测量。