本发明涉及一种基于小波能量熵的配电网选线方法及系统，属于电力系统继电保护技术领域。本发明针对配电网络故障时故障线路暂态信息丰富这一特征，提出一种利用小波能量熵选出故障线路的方法。首先选线算法根据配电系统的零序电压突变能量进行启动，启动后提取各条出线零序电流信号进行小波能量熵的计算，然后根据各出线小波能量熵的特征选出故障线路；故障线路零序电流中包含的暂态信息丰富、频率成分复杂，所求出的小波能量熵有显著变化，非故障线路则无明显变化。仿真结果证明该方法有效、可靠，易于推广应用。