本发明公开了一种对合理用药系统的规则库进行管理的方法、系统和设备，根据规则的来源和内容对药品使用数据库中的每条合理用药规则进行标记，用户根据自身业务需求，按照标记选择适当的合理用药规则，生成符合用户需求的自定义合理用药规则库，应用于用户的合理用药系统。通过本发明的一种对合理用药系统的规则库进行管理的方法、系统和设备，可以让用户基于不同的业务单元合理用药现状选择符合自身需求的资料集合作为用药管控系统内置规则标准来源，并可实时对资料集合进行调整，实现了以合理用药管控要求为目标的快速建立合理用药信息化规则管理体系，达到提升患者用药安全，提升医疗质量，降低不合理医疗费用、合理分配医疗资源的目的。