本发明公开了一种电池组性能均衡方法及系统，方法包括：同步采集待平衡电池组中各电池单体电气信息，计算各电池模组的待均衡性能指标，每个电池模组包括相邻多节电池单体，每相邻两个电池模组之间各有部分电池单体重叠，每节电池单体均被分组；基于各电池模组的性能指标，确定每个子电池组中指标偏离阈值最大的电池模组，并控制该子电池组中其它电池模组对该电池模组充电或控制该电池模组向其它电池模组放电，重复上述，直至每个子电池组内性能均衡，每个子电池组包括无电池单体重叠的相邻多个电池模组，每相邻两个子电池组间各有部分电池单体重叠，每个电池模组均被分组。本发明采用交错式均衡，能够高效、可靠地达到整个低压电池组的性能均衡。