本发明涉及光纤传感微流控芯片核酸扩增原位实时检测系统和方法，包括：依次连接的白光光源、检测光路、微流控芯片和光谱采集处理显示模块；检测光路，用于将白光光源产生的白光传输至微流控芯片，并将经过微流控芯片的光信号传输至光谱采集处理显示模块；微流控芯片，用于进行生物化学反应；光谱采集处理显示模块，用于采集经过微流控芯片的光信号，对光信号进行解析，并生成可视化的生物化学反应实时动态变化信号曲线。本装置采用白光干涉高光谱方法检测核酸扩增信息，既可以检测被荧光标记的待测物也可以检测未被荧光标记的待测物，解决了荧光标记检测方法存在影响生物反应活性，以及荧光衰减淬灭不稳定等问题。