本发明提供一种基于共享数据梗概的DNA序列查询系统，该系统将来自不同档案库的DNA序列压缩到同一个数据梗概中。对于感兴趣的DNA序列，通过该数据梗概可快速查询该序列存在于哪些档案库中。本发明包括数据预处理，数据梗概的建立与更新，DNA序列查询三个子系统；从给定的DNA序列中提取出有用信息；提出原创的数据梗概对多个档案库的DNA序列数据进行压缩；利用数据梗概对DNA进行查询；本发明可用于DNA序列查询，通过查询感兴趣的DNA所在的档案库，进一步寻找感兴趣的档案库数据进行研究。