本发明提出了基于继电保护辅助决策系统的电网故障诊断系统及其方法，立足于录波主站，通过建立有限的信息交互机制，融合保信主站的判定线路故障可靠优点，最大程度发挥了录波主站对线路故障反应快速的优势，同时弥补了录波故障分析报告缺保护动作元件信息的短板，最终实现了面向继保机构的自动化程度高、线路故障判断可靠、分析报告内容齐全的线路故障决策信息，具备替代继保机构人员辅助决策过程，直接面向调控机构直接决策的能力；录波主站在保信主站的协助下，完成了录波故障分析报告的确认和矫正，补充了保护动作元件信息，消除了对线路故障误判和漏判的可能性，具备了线路故障可靠分析和向调控机构自动输出决策的能力。