一种基于MRI和OPM的脑磁多模态影像配准系统，包括双标记组合式配准模块，配准模块包括OPM脑磁成像标记模块和核磁共振成像标记模块，OPM脑磁成像标记模块包括柔性电路板及设置于柔性电路板上的圆形定位线圈，核磁共振成像标记模块包括非磁性材料做成的内置有固态油的基准块，柔性电路板可拆卸地设置于基准块上的表面，且基准块的上表面设有柔性电路板的定位部件，使得脑磁图中圆形定位线圈所在位置的基准点信息和MRI图的固态油所在位置的基准点的空间坐标系信息，可以采用基础又简单的基准点定位法进行图像配准，不仅提高了配准的精度，还大幅缩小了计算时间，推进了新一代脑磁图技术从实验设计模拟阶段向在医学临床应用阶段的前进步伐。