本发明提供一种基于变频信号的蓄电池在线除硫系统及方法，将测试线路接入到蓄电池组中，并通过设置的两组单刀双掷开关将蓄电池组分为前半组和后半组，通过对前班组蓄电池组和后半组蓄电池组的内阻进行测量，并根据蓄电池标准内阻信息表来判断蓄电池的硫化程度，从而可以根据硫化程度来选择相应频率的脉冲信号，保证除硫效果，同时可以防止脉冲信号频率过低无法除硫，以及防止脉冲信号频率过高损坏蓄电池，另一方面，通过切换单刀双掷开关向另一动端闭合，可以将前半组蓄电池组和后半组蓄电池组互换，从而提高蓄电池内阻的测量精度，防止内阻测量的误差影响到硫化程度的判断，保证除硫效果，同时减少资源的浪费以及人力的使用。