本发明公开了一种基于相似性的病毒‑受体相互作用关系预测方法和装置，所述方法首先基于已知的病毒‑受体相互作用关系数据分别构建病毒和受体的高斯核相似性矩阵；利用受体的序列信息构建受体的序列相似性矩阵；并基于受体序列相似性矩阵和高斯核相似性矩阵集成最终的受体相似性。然后根据邻接信息对不存在相互作用关系的病毒和受体的相互作用关系进行初始化处理。最后利用拉普拉斯正则化最小二乘法来计算病毒‑受体对的相互作用关系分数。本发明能够对病毒‑受体相互作用关系进行有效的预测。