本发明提出一种基于数据挖掘的高纯多肽中肽段杂质分析方法，对高纯多肽中肽段杂质进行分析的操作方法是，在肽段杂质分析时，基于数据依赖采集策略，边分析边优化探测数据集和鉴定数据集，采用“剥洋葱”策略，依次将高丰度的杂质肽段鉴定完毕，接下来的分析不再针对已经鉴定过的肽段，把宝贵的窗口期节省下来，对尚未鉴定的次高丰度的肽段杂质进行鉴定，最后对预判为超低丰度肽段离子采用多次选择性富集后再鉴定。如此，实现进而显著提高高纯多肽中肽段杂质的鉴定数量。