本发明提供一种智能船舶自动舵系统的模糊自适应输出反馈控制方法及系统，属于船舶自动控制技术领域，该方法针对智能船舶自动舵系统，运用模糊状态观测器和根据舵角饱和特性模型设计的辅助系统，解决输入舵角受限的智能船舶自动舵系统的输出反馈控制问题，有效减少控制器对自动舵系统航向角变化率状态信息已知的需求，提高航向跟踪速度和精度。