本发明公开了一种基于高速采样的傅里叶变换光谱检测方法，所述方法包括以下步骤：利用傅里叶变换光谱仪采集氦氖参比信号和红外干涉信号；通过非线性轮廓提取法提取氦氖参比信号的轮廓信号，从而消除参比信号强度扰动造成的干扰；通过自适应相位拟合计算出氦氖参比信号的相位信息，根据氦氖参比信号计算每个取样点的光程差，每个取样点的光程差一一对应于红外干涉信号；对红外干涉信号进行非均匀傅里叶变换，从而获取得到红外光谱图。本发明结合傅里叶光谱仪与高速采集卡进行非均匀采样，更好的还原干涉图的原有信息，灵活地应用于各种实际取样环境，并进一步提高采样效率和采样质量。