本发明公开了一种用于鲤鱼线粒体DNA片段扩增的引物组合，包括如SEQIDNO:1～SEQIDNO:38所示的19组引物对。本发明还公开了一种方法，包括：1)获得待测鲤鱼样本的总DNA；2)以总DNA为模板，采用引物对分别进行聚合酶链式反应，获得扩增产物；3)测序获得序列信息。本发明还公开了该引物组合于科学研究中的应用。本发明通过提供特定灵敏性和高特异性的引物，避免了非特异性扩增的发生，可方便快捷、准确地对鲤的线粒体DNA进行扩增并扩增出19个片段，最终拼接完成后可得到鲤鱼的完整线粒体DNA，长度达到16580bp左右。本发明可为鲤的遗传物质研究提供极大的便利。