本发明公开了一种虚拟长机模式下的固定翼编队飞行控制系统及控制方法：仿真模块模将仿真出的虚拟长机传送至MissionPlanner地面站模块；该虚拟长机按照预先设置好的期望轨迹在地面站模块飞行；地面站模块将虚拟长机的位置信息通过地面端数传模块实时传送至机载接收端数传模块，机载接收端数传模块将收到的信息传送至飞行控制器；传感器模块实时采集固定翼无人机的姿态、速度、位置信息，并将采集的信息传送至飞行控制器和机载接收端数传模块；飞行控制器根据收到的信息控制该固定翼无人机按照预设好的编队飞行的方式飞行；机载接收端数传模块将收到的信息通过地面端数传模块传送至地面站模块显示。本发明有效降低了编队飞行的故障风险，提高了整体的鲁棒性。