本发明涉及一种水产养殖尾水处理方法，用于处理有害的水产养殖尾水，该方法包括步骤：将水产养殖尾水经沉淀分离成上清液及浓缩液；向浓缩液中添加絮凝剂使浓缩液成型为絮团状，再经过污泥压缩机构压缩成泥饼；将上清液进一步固液分离以去除上清液内的固体；对去除固体后的上清液进行氨氮、溶解性有机物的转化及降解处理，并进行杀菌消毒，向杀菌消毒后的上清液内注入臭氧，并在预设的时间后将残余臭氧排除，以使上清液成为无害的液体。本发明还提供一种养殖尾水处理系统，将养殖尾水进行处理，避免直接排放污染环境。