本发明属于印刷控制技术领域，公开了一种机械轴凹印机稳速印刷过程中的控制方法及系统，建立印刷过程中各色组印刷图案与前一印刷单元色组所印刷图案之间的误差模型，根据模型依据递推迭代分析方法设计的控制计算式，消除色组误差，实现套色控制。本发明依消除在稳速印刷过程中的印刷误差，提高了系统的响应速度和套色精度。本发明的机械轴凹印机稳速印刷过程中的套色控制方法在所述数学模型的基础上，采用递推迭代分析方法进行控制设计。本发明所述控制方法不仅理论上确保了套印误差为0，而且响应速度快、可以有效地消除整个系统的色差，提高套色精度，非常适合在机械轴凹印机稳速印刷过程中广泛使用。