本发明涉及农业机械技术领域，提供了一种用于长茎植物的脱粒筛选系统。该脱粒筛选系统包括低速滚筒、高速滚筒和筛网；低速滚筒套设于高速滚筒的外侧，高速滚筒的外侧壁设有脱粒齿，低速滚筒设有下落口；筛网设于低速滚筒的下方，低速滚筒的外侧壁设有拨动齿，拨动齿用于拨动落到筛网上的植物种子。该脱粒筛选系统结构新颖、推广性强，适用于枝叶茂盛且种子产量比较少的长茎植物；该脱粒筛选系统采用双滚筒差速运作，利用高速滚筒和低速滚筒的相对转动完成脱粒作业，同时利用低速滚筒和筛网之间的相对转动来拨动筛网上的植物种子，促进筛网上的植物种子从筛网中落下。