本发明属于印刷控制技术领域，公开了一种机械轴凹印机稳速印刷过程中的套色控制方法及系统，包括印刷单元进行对应的色组印刷；印刷单元i的误差检测系统判断是否存在套色误差；若存在，则计算出套色误差值，并在确定的套色精度下，根据模型依据李亚普诺夫稳定性分析方法设计的控制计算式，根据得到的套色误差值以及前序补偿辊的控制量，计算得到印刷单元(i‑1)与印刷单元i之间的补偿辊纵向线速度变化量，并进行相应调整，直至消除所述印刷单元i色组与印刷单元1色组的套色误差。本发明依据机械轴的数学模型，采用李雅普诺夫分析方法设计了控制算法，消除在稳速印刷过程中的印刷误差，提高了系统的响应速度和套色精度。