本发明公开了一种机台检测系统，该系统包括机台及安装于机台的第二编码器，其中机台至少包括控制器、马达、床台及第一编码器。其中控制器用以设定检测模式并发出命令至马达；马达接收由控制器传送的命令以带动床台相对于机台移动时产生实际位移；以及第一编码器，用以检测马达以获得马达的马达回授数值，并由第一编码器将马达回授数值传送至控制器。第二编码器用以检测床台的实际位移，并将此实际位移由第二编码器传送至控制器，其中控制器比较命令及马达回授数值以得到电控设定，以及比较马达回授数值及实际位移而得到机械误差。