本发明公开了手术机器人及其末端手术器械、配准方法、系统及存储介质，该末端手术器械包括连接法兰、通道连杆和通道，连接法兰与机械臂末端法兰固定连接，通道连杆一端与连接法兰固定连接，通道连杆另一端与通道采用可拆卸方式固定连接，通道连杆上固定安装有激光头。本技术方案方便通道的消毒，同时通过激光可以在定位完成后由医生方便直观的判断定位的精度，进而再切换到通道最终快速安全的完成手术。