本发明属于遗传作物分子生物学技术领域，尤其涉及一种可繁殖杂合雌性不育恢复系分子选育方法及其应用。本发明以广亲和基因S5n架桥，选育携带S5i的粳稻或携带S5j的籼稻近等恢复株系；将温敏不育基因或反光敏核不育基因导入到S5i或S5j位点近等基因恢复系中，育成携带S5i+温敏不育基因或反光敏不育基因，或者S5j+温敏不育基因或反光敏不育基因的近等基因恢复系；通过高温或短日照条件下制种方式，实现杂合雌性不育杂交水稻恢复系的繁殖。由于本发明选育的恢复系雌性不育但雄性可育，因此制种授粉后无需去除父本，实现制种机械化收割，提高杂交水稻制种效率，为杂交水稻机械化制种提供技术保障。