本发明公开了一种具有三轴运动配置飞碟式刀库的数控龙门钻攻机床系统，包括飞碟式刀库、主轴单元、底座、工作台、滑台和Z轴滑枕，主轴单元底部装配有与飞碟式刀库相配合的刀具，底座顶部固定有龙门架，工作台上设有用于驱动工作台沿着X轴方向运动的X轴伺服驱动系统；横梁上设有用于驱动滑台沿着Y轴方向运动的Y轴伺服驱动系统；滑台上设有用于驱动Z轴滑枕沿着Z轴方向升降运动的Z轴伺服驱动系统；飞碟式刀库设置于Z轴滑枕正面，Z轴滑枕顶部安装有主轴电机，Z轴滑枕底部设有主轴单元。本发明将在位于滑枕端部的主轴单元与飞碟式刀库完美的融合，机械式换刀动作在机头提起时巧妙的进行，效率极高且不会折断小钻头、小丝锥。