本发明涉及一种三电平变换器功率管的短路保护系统及安全关断控制方法，该保护系统包括计算机控制器、将进入计算机控制器的光信号转换成电信号的第一信号隔离转换器、将计算机控制器输出的电信号转换成光信号的第二信号隔离转换器，及在三电平变换器功率管过流、短路时，对功率管进行保护的驱动保护电路，驱动保护电路控制三电平变换器的外管区域功率管先关闭，再关闭三电平变换器的内管区域功率管，确保了故障中断封锁驱动脉冲的处理过程桥臂输出的电平状态仍然遵循P-O-N，或N-O-P的过渡原则，有效的保护了出现过流或短路的功率管，避免了在关断所有功率管驱动信号的过程中，对功率管的损坏。