本发明公开了用于湖底蓝藻物理沉淀分离和机械脱水的设备，该物理沉淀分离和机械脱水的设置包括载体、三维行车、离心机，所述载体上设置有三维行车，所述载体上设置有离心机，本发明科学合理，使用安全方便，载体上设置有对湖底蓝藻进行物理沉淀的舱室，这些舱室对湖底蓝藻进行分离、沉淀，分离后较重的物质沉积在舱室底部，三维行车对沉积在舱室底部较重的物质进行抓取移除并回覆湖底，较轻的物质与越冬蓝藻种源分离后经离心机进行离心分离浓缩后外运，通过该设备可以清除湖底蓝藻种源，迟滞来年全湖蓝藻水华发生的规模和时间。