本发明提供一种处理头孢类医药中间体生产废水的方法。本发明的方法使用耐有机溶剂纳滤膜对生产废水进行过滤，并可集成升流式厌氧污泥床、膜生物反应器、离子交换、反渗透以及机械式蒸汽再压缩(MVR)等工艺。采用本发明的方法处理头孢类医药中间体生产废水，所得的头孢类晶体可作为头孢产品，提高了头孢的产品产率；所得的反渗透透过液和MVR蒸发冷凝水可作为调节池用水及生产回用水，反渗透透过液还可作为耐有机溶剂纳滤的补水；MVR蒸发的结晶产物氯化钠晶体可满足工业使用，实现了有用物质的回收，并且达到了废水的近零排放。