本发明公开了一种基板玻璃在线抽检系统、抽检方法及包装系统，包括机械传送机构、人机交互模块、PLC主控装置、载体到位传感器、传送带在位传感器，所述载体到位传感器和所述传送带在位传感器分别与所述PLC主控装置通讯连接，所述PLC主控装置分别与所述人机交互模块、所述机械传送机构通讯连接；所述载体到位传感器用于检测载体是否到达预定位置，所述传送带在位传感器用于检测基板玻璃是否到达抽检工位。通过机械传送机构、传感器和主控装置的配合使用，解决了液晶基板玻璃行业包装工序人员必须接触玻璃的技术难题，避免人为干预液晶基板玻璃，提升了液晶基板玻璃的抽检品质和可信度，提升了包装效率和设备可操作性。