本发明公开了一种水稻侧深施药肥同步机械插秧的方法及其应用。该方法包括如下步骤：(1)旱耕水耙整地：将大田先耕翻，然后灌水泡田、耙地、整平田面；(2)选种育秧：将选好的水稻种子进行育秧，得到水稻秧苗；(3)插秧及施肥施药：在插秧时，将药肥以侧深施的方式同时施加到土里；其中，药肥的施加深度为4～5cm，距离水稻秧苗3～5cm。本发明在水稻插秧时同步进行药肥侧深施，能够显著降低水稻生长过程中卷叶率和稻飞虱数量，提高水稻的产量，且稻谷内无农药残留，省时省力，经济效益明显。