一种谷物含水率在线检测方法及系统，该方法包括以下步骤：设置谷物紧实度阈值Pm；采用温度传感器和谷物紧实度传感器检测极板电容器内所容纳的谷物温度T和紧实度P，并将检测信号输出至MCU处理器；当实时谷物紧实度P超过谷物紧实度阈值Pm时，启动多谐振荡器获取方波频率F，输出至MCU处理器；启动电机驱动搅龙将电容器内所容纳的谷物移除；获取实时的谷物含水率Hr。本发明提供谷物含水率在线检测方法及系统，该方法能够快速经济的完成谷物含水率的检测，同时，检测精度相较于传统电容法也大幅提升。